Com a aposentadoria do Prof. Haddad (1987) assume a Chefia do DMS o Prof. Antonio Ruffino Netto; é o primeiro formado do Departamento a exercer a sua direção (1987-1991). Com a aposentadoria do Prof. José Carlos de Medeiros Pereira, foi contratada a Profa Neiry Primo Alessi, cientista social, docente do Campus de Ribeirão Preto da USP. Sob a coordenação do Prof. Dr. Juan Stuardo Yazlle Rocha, a Comissão de Pós-Graduação do DMS promoveu a discussão do Programa de Mestrado e Doutorado do Departamento, que permanecia inalterado havia 17 anos; como resultado resolveu-se mudar o perfil das disciplinas compulsórias para o Mestrado introduzindo: Problemas Conceituais e Metodológicos da Investigação em Medicina Social, Introdução ao Estudo da Saúde Doença como Processo Social, Investigação em Serviços de Saúde; no Doutorado, incluiu-se Métodos de Interpretação Sociológica em Medicina Social. Até agora, o Departamento de Medicina Social recebeu 79 alunos no Mestrado e 29 no Doutorado, tendo sido concluídos 25 mestrados e 16 doutorados; continuam no Programa 16 alunos de mestrado e 11 de doutorado. A partir de 1989, novos grupos de investigação se estruturaram no DMS: Saúde do Idoso, Núcleo de Estudos e Pesquisa em Saúde do Trabalhador, Centro de Estudos e Pesquisa em Vigilância Epidemiológica agregando docentes do DMS, de outras Unidades e profissionais ligados aos serviços de saúde da cidade e região. Em 1991, o DMS propôs ditar 4 cursos de especialização para profissionais inseridos na área da Saúde Coletiva: Curso Básico de Especialização em Saúde Pública, Curso de Administração e Planejamento em Saúde, Curso de Epidemiologia, Curso de Saúde do Trabalhador; os cursos foram aprovados nos colegiados superiores da USP porém não foram obtidos os recursos necessários para poder oferecê-los de forma contínua; até o momento, nos dois cursos de especialização em Saúde Pública, já oferecidos, foram formados 70 sanitaristas vinculados a serviços municipais e estaduais da cidade e região. Em 1991, foi credenciado o Programa de Residência Médica em Saúde do Trabalhador ao nível do 2o ano da Residência em Medicina Preventiva; desde que foi criado, o Programa de Residência em Medicina Preventiva recebeu 133, médicos sendo que aproximadamente 85 deles concluíram a programação. A produção científica dos docentes do Departamento é crescente como pode ser visto pelo número de publicações na íntegra em periódicos nacionais e estrangeiros: 53 até 1969; 126 na década de 70 e 146 na década dos anos 80.

Ao longo da sua história o DMS sempre esteve voltado ao desenvolvimento de uma prática; neste sentido, tanto procurou aplicar os conhecimentos e técnicas à solução dos problemas encontrados, como procurou desenvolver conhecimentos novos que permitissem dar conta dos problemas da realidade. Sua prática mudou, ao mudar a sua ênfase para novos objetos: passou da preocupação com a prática médica diante do indivíduo e da sua família, ao estudo da freqüência das doenças e causas de morte; do estudo e intervenção na história natural das doenças à análise do processo de trabalho e sua influência na saúde; dos métodos e modelos da epidemiologia à organização e funcionamento dos serviços e sistemas de saúde; da discussão e aplicação de conceitos, métodos e perspectivas analíticas na área da saúde ao problema da formação de docentes e pesquisadores para o desenvolvimento de novos núcleos de trabalho na Saúde Coletiva. Assim, o DMS encontrou sempre na sua prática as razões e motivos da sua contínua renovação.