O Departamento de Medicina Social possui quatro grandes linhas de pesquisa, que estão em consonância com suas áreas de atuação:

Atenção Primária e Estratégia Saúde da Família
Agrega estudos sobre a concepção, atributos e o papel central da Atenção Primária e a Estratégia de Saúde da Família na organização e gestão do Sistema Único de Saúde. Abrange também investigações na área de avaliação em saúde (estrutura, processo e resultados) e contempla o autocuidado e a assistência na comunidade no foco da integralidade do cuidado. Vem ressaltando em seus estudos a vertente dos serviços da rede básica de saúde para a formação profissional e como lócus no desenvolvimento da produção do conhecimento.

Epidemiologia e Bioestatística
Esta linha congrega estudos epidemiológicos de diferentes desenhos metodológicos tendo em comum o estudo de distribuição dos agravos à saúde nas populações, em conjunto com o desenvolvimento de métodos bioestatísticos e tecnologias, atuando em modelagem estatística e estudos de concordância e diagnóstico, métodos multivariados, análise de sobrevivência, inferência, estudos demográficos, técnicas de geoprocessamento e simulações computacionais dirigidos à saúde.

Políticas, Planejamento e Gestão em Saúde
Compreende estudos que analisam as políticas de saúde, assim como estudos de diagnóstico e avaliação de estratégias na área de planejamento visando subsidiar as políticas no campo da saúde. Agrega estudos sobre condições de trabalho e saúde, formação profissional, vários aspectos da organização dos serviços de saúde, sistema de informações para gestão da saúde, estudos de acesso, demanda, utilização de serviços e avaliação da assistência, estudos sobre legislação sanitária e pesquisas sobre participação do usuário e controle social.

Promoção de Saúde e Prevenção de Agravos
Abrange estudos que vão investigar o processo saúde-doença, considerando a perspectiva de seus determinantes primários e dos ciclos de vida. Inclui as práticas de promoção de saúde, a prevenção de doenças e agravos da saúde, os estudos de gênero, sexualidade e os diversos aspectos saúde reprodutiva, como gravidez, aborto, contracepção e prevenção de DST/AIDS. Compreende temas relativos ao crescimento e desenvolvimento infantil, adolescência, idade adulta e o envelhecimento.